Description
CV Project 3: MorphologyBasic4 Java
Student: Fengzhang Du
Algorithm Steps for Compute Noise Filters:
step 0:
Open imgFile, structFile, dilateOutFile, erodeOutFile, openingOutFile, closingOutFile, prettyPrintFile.
step 1: numRows, numCols, minVal, maxVal ← read from imgFile.
step 2:
struct.numRows, struct.numCols, struct.minVal, struct.maxVal ← read from structFile.
struct.rowOrigin, struct.colOrigin ← read from structFile.
// Struct Class are inherited from Image Class, which stores all the information related to the Structuring element.
step 3:
loadImg (imgFile); zeroFramedAry, structAry, morphAry, tempAry ← dynamically allocate
step 4: loadStruct (structFile);
step 5:
prettyPrint (“Original Image”, zeroFramedAry, prettyPrintFile); prettyPrint (“Structuring Element”, struct.structAry, prettyPrintFile);
step 6:
computeDilation (zeroFramedAry, morphAry); aryToFile (morphAry, dilateOutFile); prettyPrint (“Dilation”, morphAry, prettyPrintFile); zero2DAry();
step 7:
computeErosion (zeroFramedAry, morphAry); aryToFile (morphAry, erodeOutFile); prettyPrint (morphAry, prettyPrintFile); zero2DAry();
step 8:
computeClosing (zeroFramedAry, tempAry, morphAry); aryToFile (morphAry, closingOutFile); prettyPrint (morphAry, prettyPrintFile); zero2DAry();
step 9:
computeOpening (zeroFramedAry, tempAry, morphAry); aryToFile (morphAry, openingOutFile); prettyPrint (morphAry, prettyPrintFile);
step 10:
close all files. (automatically in Java 7).
Source Code
import java.io.*;
import java.util.Scanner;
public class Main{
public static void main(String[] args) throws IOException{
try (
// input image
Scanner input = new Scanner(new BufferedReader(new FileReader(args[0])));
// input structure
Scanner input_struct = new Scanner(new BufferedReader(new FileReader(args[1])));
// output
BufferedWriter dilateOutFile = new BufferedWriter(new FileWriter(args[2]));
BufferedWriter erodeOutFile = new BufferedWriter(new FileWriter(args[3]));
BufferedWriter closingOutFile = new BufferedWriter(new FileWriter(args[4]));
BufferedWriter openingOutFile = new BufferedWriter(new FileWriter(args[5]));
// – prettyPrintFile (args[6]): pretty print which are stated in the algorithm steps
BufferedWriter prettyPrintFile = new BufferedWriter(new FileWriter(args[6], true));
){
// Read and store image header info.
int header[] = new int[4];
for (int i=0; i<4; i++){
if(input.hasNextInt()) header[i] = input.nextInt();
}
// Read and store Structure Element header info.
int header_struct[] = new int[6];
for (int i=0; i<6; i++){
if(input_struct.hasNextInt()) header_struct[i] = input_struct.nextInt();
}
Image img = new Image(header[0], header[1], header[2], header[3]);
img.struct = new Struct(header_struct[0], header_struct[1], header_struct[2],
header_struct[3], header_struct[4], header_struct[5]);
img.loadImg(input);
img.loadStruct(input_struct);
// prettyPrint 1 -> original img
img.prettyPrint(“Original Image”, img.zeroFramedAry, prettyPrintFile);
// prettyPrint 2 -> structure element
img.prettyPrint(“Structuring Element”, img.struct.structAry, prettyPrintFile);
// – dilateOutFile (args[2]): the result of dilation image with header.
img.computeDilation(img. zeroFramedAry, img.morphAry);
img.aryToFile(img.morphAry, dilateOutFile);
img.prettyPrint(“Dilation”, img.morphAry, prettyPrintFile); // prettyPrint 3 -> dilation
img.zero2DAry();
// – erodeOutFile (args[3]): the result of erosion image with headers.
img.computeErosion(img.zeroFramedAry, img.morphAry);
img.aryToFile(img.morphAry, erodeOutFile);
img.prettyPrint(“Erosion”, img.morphAry, prettyPrintFile);
img.zero2DAry();
// – closingOutFile (args[4]): the result of closing image with header.
img.computeClosing(img.zeroFramedAry, img.tempAry, img.morphAry);
img.aryToFile(img.morphAry, closingOutFile);
img.prettyPrint(“Closing”, img.morphAry, prettyPrintFile);
img.zero2DAry();
// – openingOutFile (args[5]): the result of opening image with header.
img.computeOpening(img.zeroFramedAry, img.tempAry, img.morphAry);
img.aryToFile(img.morphAry, openingOutFile);
img.prettyPrint(“Opening”, img.morphAry, prettyPrintFile);
// close input and output file automatically in Java 7.
}
}
}
class Image {
// fields
int numRows=0, numCols=0, minVal=0, maxVal= 0;
// int[][] body;
int[][] zeroFramedAry;
int[][] morphAry;
int[][] tempAry;
Struct struct;
// constructor
public Image(int numRows, int numCols, int minVal, int maxVal) {
this.numRows = numRows;
this.numCols = numCols;
this.minVal = minVal;
this.maxVal = maxVal;
}
// methods
void loadImg(Scanner input){
this.zeroFramedAry = new int[this.numRows+ struct.extraRows][this.numCols + struct.extraCols];
this.morphAry = new int[this.numRows+ struct.extraRows][this.numCols + struct.extraCols];
this.tempAry = new int[this.numRows+ struct.extraRows][this.numCols + struct.extraCols];
for(int i=struct.rowFrameSize; i<numRows + struct.rowFrameSize; i++){
for(int j=struct.colFrameSize; j<numCols + struct.colFrameSize; j++){
if(input.hasNextInt()) zeroFramedAry[i][j] = input.nextInt();
else{
System.out.println( “Corrupted Image input data!”);
System.exit(0);
}
}
}
}
void loadStruct(Scanner input_struct){
int index = 0;
for(int i=0; i<struct.numRows; i++){
for(int j=0; j<struct.numCols; j++){
if(input_struct.hasNextInt()) {
int temp = input_struct.nextInt();
struct.structAry[i][j] = temp;
struct.st1D[index] = temp;
index++;
}
else{
System.out.println( “Corrupted struct input data!”) ;
System.exit(0);
}
}
}
}
void zero2DAry(){ // set a 2D array to 0.
this.morphAry = new int[this.numRows+ struct.extraRows][this.numCols + struct.extraCols];
this.tempAry = new int[this.numRows+ struct.extraRows][this.numCols + struct.extraCols];
}
void computeDilation(int[][] zeroFramedAry, int[][] morphAry){
for(int i=struct.rowFrameSize; i<numRows + struct.rowFrameSize; i++){
for(int j=struct.colFrameSize; j<numCols + struct.colFrameSize; j++){
if (zeroFramedAry[i][j] == 1){
dilation(i, j, zeroFramedAry, morphAry);
}
}
}
}
void dilation(int i, int j, int[][] inAry, int[][] outAry){
int neighbors[] = new int[struct.st1D.length];
int index = 0;
// store input array’s neighbors as 1d array.
for (int k=i-struct.rowOrigin; k<i+(struct.numRows-struct.rowOrigin); k++){
for (int d=j-struct.colOrigin; d<j+(struct.numCols-struct.colOrigin); d++){
neighbors[index] = inAry[k][d];
index++;
}
}
// comput output array.
for (int u=0; u<neighbors.length; u ++){
if(struct.st1D[u] == 1) neighbors[u] = 1;
}
index = 0;
for (int k=i-struct.rowOrigin; k<i+(struct.numRows-struct.rowOrigin); k++){
for (int d=j-struct.colOrigin; d<j+(struct.numCols-struct.colOrigin); d++){
if(neighbors[index] == 1){
outAry[k][d] = neighbors[index];
}
index++;
}
}
}
void computeErosion(int[][] zeroFramedAry, int[][] morphAry){
for(int i=struct.rowFrameSize; i<numRows + struct.rowFrameSize; i++){
for(int j=struct.colFrameSize; j<numCols + struct.colFrameSize; j++){
if (zeroFramedAry[i][j] > 0){
erosion(i, j, zeroFramedAry, morphAry);
}
}
}
}
void erosion(int i, int j, int[][] inAry, int[][] outAry){
int neighbors[] = new int[struct.st1D.length];
int index = 0;
// store input array’s neighbors as 1d array.
for (int k=i-struct.rowOrigin; k<i+(struct.numRows-struct.rowOrigin); k++){
for (int d=j-struct.colOrigin; d<j+(struct.numCols-struct.colOrigin); d++){
neighbors[index] = inAry[k][d];
index++;
}
}
// comput output array.
for (int u=0; u<neighbors.length; u ++){
// this pixel does not mathch the structing element, mark with 0.
if(struct.st1D[u] == 1 && neighbors[u] == 0) {
outAry[i][j] = 0;
return;
}
}
outAry[i][j] = 1;
}
void computeClosing(int[][] zeroFramedAry, int[][] tempAry, int[][] morphAry){
this.computeDilation(zeroFramedAry, tempAry);
this.computeErosion(tempAry, morphAry);
}
void computeOpening(int[][] zeroFramedAry, int[][] tempAry, int[][] morphAry){
this.computeErosion(zeroFramedAry, tempAry);
this.computeDilation(tempAry, morphAry );
}
void aryToFile(int [][] arr, BufferedWriter output) throws IOException {
output.write(Integer.toString(numRows) + ” ” + Integer.toString(numCols) + ” “);
output.write(Integer.toString(minVal) + ” ” + Integer.toString(maxVal) + ” “);
for(int i=struct.rowFrameSize; i<arr.length-struct.rowFrameSize; i++){
for(int j=struct.colFrameSize; j<arr[0].length-struct.colFrameSize; j++){
output.write(Integer.toString(arr[i][j]) + ” “);
}
output.write(” “);
}
}
void prettyPrint(String title, int [][] arr, BufferedWriter output) throws IOException {
output.write(title + ” “);
// print structing element.
if(this.struct != null && arr == struct.structAry ) {
output.write(Integer.toString(struct.numRows) + ” ” + Integer.toString(struct.numCols) + ” “);
output.write(Integer.toString(struct.minVal) + ” ” + Integer.toString(struct.maxVal) + ” “);
output.write(Integer.toString(struct.rowOrigin) + ” ” +
Integer.toString(struct.colOrigin)+” “);
for(int i=0; i<arr.length; i++){
for(int j=0; j<arr[i].length ; j++){
if(arr[i][j] == 0){
output.write(“.” + ” ” );
}else{
output.write(Integer.toString(arr[i][j]) + ” “);
}
}
output.write(” “);
}
}else{ // print image
output.write(Integer.toString(numRows) + ” ” + Integer.toString(numCols) + ” “);
output.write(Integer.toString(minVal) + ” ” + Integer.toString(maxVal) + ” “);
for(int i=struct.rowFrameSize; i<arr.length-struct.rowFrameSize; i++){
for(int j=struct.colFrameSize; j<arr[0].length-struct.colFrameSize; j++){
if(arr[i][j] == 0){
output.write(“.” + ” ” );
}else{
output.write(Integer.toString(arr[i][j]) + ” “);
}
}
output.write(” “);
}
}
output.write(” “);
}
}
class Struct extends Image{
// fields
int rowOrigin, colOrigin;
int rowFrameSize, colFrameSize, extraRows, extraCols;
int[][] structAry;
int[] st1D;
// constructor
public Struct(int rows, int cols, int min, int max, int rowOrigin, int colOrigin){
super(rows, cols, min, max);
this.rowOrigin = rowOrigin;
this.colOrigin = colOrigin;
this.rowFrameSize = this.numRows/2;
this.colFrameSize = this.numCols/2;
this.extraRows = this.rowFrameSize * 2;
this.extraCols = this.colFrameSize * 2;
this.structAry = new int[this.numRows][this.numCols];
this.st1D = new int[this.numRows * this .numCols];
}
}
* Program Output on next page.
Program Output Data_1
data1_dilateOutFile
42 31 0 1
1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1
1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1
1 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0
0 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0
0 0 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 0 0 0
0 1 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0
0 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 0 0 0
1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 0 0
0 1 1 1 1 0 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 0 0 0
0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0
0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0
0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0
0 0 0 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0
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0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 1 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0
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data1_closingOutFile
42 31 0 1
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1 1 . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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1 1 . 1 .
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1 1 . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . 1 1
1 1 1 . . . . . . . . . . . 1 1 1 . . . . . . . . . . . 1 1 1 1 1 . . 1 1 . . . . . . . 1 1 1 1 1 . . . . . . . . . . . 1 .
. . . 1 1 1 1 . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . 1 1 . . . .
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. 1 1 1 1 1 1 . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . 1 1 1 . . .
1 1 1 1 1 1 . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . 1 1 1 1 . .
. 1 1 1 1 . 1 . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . 1 1 1 . . .
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. . . 1 . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 . . . . . .
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. . . 1 . . 1 . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 . . . 1 1 1 . . . . . .
. . . . . 1 1 1 . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 1 1 . . . .
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1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1 1 . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . 1 .
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. . . . . . . . . . 1 . 1 1 . . 1 1 1 . 1 . . . . . . . . . .
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. . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
. . . 1 . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . .
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. . . . . . . . . . . 1 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . 1 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . 1 . . . . 1 1 . . . . . . . . . . . . . .
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Object-process-diagram for Image 4
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. . . . . . . . 1 1 1 . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . .
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Program Output Data_4 / 2nd Run
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. . . . . . . . . . . . . 1 1 1 1 1 . . . . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . 1 1 1 1 1 . 1 1 . 1 1 1 1 . . . . . . . . .
. . . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . . .
. . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . .
. . . . . . . . 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 1 . 1 1 1 . . . . . . . .
. . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 . . . . . . .
. . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 . . 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . .
. . . . . . . . 1 1 1 . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . .
. . . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 . . 1 1 1 . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . 1 1 1 . . 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . 1 1 1 . 1 1 1 . . . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . 1 1 1 1 1 . . . . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . . 1 1 1 . . . . . . . . . . . . . .
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. . . . . . . . . . . . . 1 1 1 1 1 . . . . . . . . . . . . .
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. . . . . . . . . 1 1 1 1 1 . 1 1 . 1 1 1 1 . . . . . . . . .
. . . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . . .
. . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . .
. . . . . . . . 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 1 . 1 1 1 . . . . . . . .
. . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . 1 1 1 1 . . . . . . .
. . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 . . 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . .
. . . . . . . . 1 1 1 . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . .
. . . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 . . 1 1 1 . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . 1 1 1 . . 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . 1 1 1 . 1 1 1 . . . . . . . . . . . .
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. . . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . . .
. . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . .
. . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . .
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. . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . .
. . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . .
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. . . . . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . . . . .
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. . . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . . .
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. . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . .
. . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . .
. . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . .
. . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . .
. . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . .
. . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . .
. . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . .
. . . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . . .
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. . . . . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . data4_2_Closing prettyPrint -> This is the final result.
Extract the circular object in image 4, and fill in the holes.
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. . . . . . . . . . . . . 1 1 1 1 1 . . . . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . . .
. . . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . . .
. . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . .
. . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . .
. . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . .
. . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . .
. . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . .
. . . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . . . .
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. . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . .
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. . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . .
. . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . .
. . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . .
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data4_2_Erosion prettyPrint
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. . . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 . . 1 1 1 . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . 1 1 1 . . 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . 1 1 1 1 1 1 1 1 1 . . . . . . . . . . .
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